Emitir mis facturas y subirlas directamente sin usar la emitida por Amazon

Buenas a todos. Me surge una pregunta sobre facturación. Tengo un software de contabilidad donde registramos y emitimos las facturas de ventas de la tienda física, de la tienda online propia y de lo vendido en Amazon.
La duda es la siguiente; Amazon emite directamente una factura en mi nombre que cuelga a disposición del cliente y yo emito el mismo día una en mi programa con el mismo importe para quedar registrada mi venta en mi stock y en mi contabilidad.
El problema es que la numeración que le asigna Amazon, evidentemente no concuerda con la generada en mi programa por lo que estoy en la duda de si contablemente estoy emitiendo dos facturas por cada venta y hacienda me puede exigir el IVA de las dos.
¿Existe la posibilidad de que Amazon no emita factura y colgar yo en la plataforma las que crea mi programa? En caso de que no se pueda y Amazon emita sí o sí la factura, cuando me requiere un cliente factura con otros datos diferentes a los de compra, ¿Cómo proceder para que igualmente no haya duplicidad de facturas?
Gracias a todos